Как гласит московское предание, зимой 1941 года Сталин призвал к себе в Кремль духовенство для молебна о даровании победы, тогда же, свидетельствует легенда, чудотворная икона Тихвинской Богоматери (по другой версии, Владимирской Богоматери) была на самолете обнесена кругом Москвы и Москву от врага спасла. А 9 декабря после первого успешного контрнаступления, предшествовавшего московскому, был освобожден город Тихвин.
Весной 1942 года в Москве впервые за многие годы власть разрешила верующим праздновать Пасху. 4 сентября 1943 года Сталин пригласил в Кремль иерархов Русской Православной Церкви — митрополита Московского и Коломенского Сергия (Страгородского), митрополита Киевского и Галицкого Николая (Ярушевича), митрополита Ленинградского и Новгородского Алексия (Симанского). Все трое сполна хлебнули арестов и лагерей, но, освободившись из них, продолжали вести православную патриотическую работу. Сталин сам завел речь о необходимости возрождения Церковной жизни и скорейшего избрания Патриарха. В ходе двухчасовой беседы обсуждались многие вопросы Русской Православной Церкви: о проведении Архиерейского Собора для избрания Патриарха, об открытии храмов и духовных учебных заведений, возобновлении издания церковного журнала и организации свечных заводов, расширении прав духовенства и снятии ограничений на деятельность религиозных общин. «Русская Церковь, — подчеркнул в этой беседе Сталин, — может рассчитывать на всестороннюю поддержку правительства во всех вопросах, связанных с ее организационным укреплением и развитием внутри СССР». По указанию Сталина при Совнаркоме СССР создается специальный орган — Совет по делам Русской Православной Церкви, которому отводилась роль посредника между правительством и Церковью. Руководству Русской Церкви предоставили просторный особняк в Чистом переулке, где до войны располагалось немецкое посольство. Расставаясь с иерархами, Сталин сказал, обращаясь к митрополиту Сергию: «Ваше Высокопреосвященство, это все, что я пока могу для Вас сделать». В конце 1943 года возобновился выпуск ежемесячника «Журнал Московской Патриархии», а в 1944 году в Новодевичьем монастыре открылись Православно-Богословский институт и Богословско-пастырские курсы, переведенные через несколько лет в Троице-Сергиеву лавру, ставшие Московской духовной академией и семинарией. В постановлении ЦК ВКП(б) от 27 сентября 1944 года «Об организации научно-просветительской пропаганды» впервые не были сформулированы задачи «решительной борьбы за преодоление религиозных пережитков» и «бескомпромиссного наступления на реакционную поповщину», обязательные для подобных документов предыдущих лет.
Во время войны Сталин, напутствуя полководцев перед сражением, обычно говорил: «Ну, дай Бог!» или «Ну, помоги Господь!» Писатель В. А. Солоухин, служивший во время войны в Кремле, рассказывал: «Выходит на крыльцо Иосиф Виссарионович. По левую руку — Алексий, по правую — митрополит Крутицкий и Коломенский». За время войны в СССР были вновь открыты 20 тыс. храмов. Миллионы русских людей молились за победу! По сведениям, приводимым протоиереем В. Швецом, молился и сам Сталин. Б.М. Шапошников, бывший царский офицер, не скрывавший своих религиозных убеждений, часами беседовал со Сталиным, и все его советы (в том числе одеть войска в старую форму царской армии с погонами) были приняты. А.В. Василевский, по рекомендации Б.М. Шапошникова назначенный на смену ему начальником Генштаба, был сыном священника, и отец его еще был жив. Явно был на стороне Русской Православной Церкви и Г.К. Жуков. В Белоруссии один из священников сообщил ему, что немцы вывезли колокола из его храма. Тогда Жуков распорядился направить туда целый вагон колоколов и даже выделил взвод солдат для их установки.
Секретные доклады председателя Совета по делам Русской Православной Церкви при СНК СССР Г.Г. Карпова, направляемые на имя Сталина, свидетельствуют об огромном росте числа верующих, посещающих церкви и молящихся за победу в войне. В Москве на пасхальной службе 1944 года, проходившей в 30 храмах, собралось только на первой заутрене 120 тыс. человек, но в большинстве церквей в эту ночь было проведено по 2-3 службы. Приведем еще некоторые факты из доклада Г.Г. Карпова. Примерно половину посетивших церкви составляли люди пожилого возраста, 25% — среднего возраста и 25% — молодежь. 75% всех составляли женщины. Особенно большое скопление верующих наблюдалось в следующих церквах: кафедральный Богоявленский собор (Елоховский) — до 10 тыс. человек; церковь Петра и Павла в Преображенском — 8 тыс. человек; Свято-Духовская церковь на Даниловском кладбище — 8 тыс. человек; церковь Иоанна Предтечи на Красной Пресне — 6 тыс. человек; церковь Иоанна Воина на Якиманке — 6 тыс. человек; церковь Петра и Павла в Солдатской слободе — 4 тыс. человек. Почти во всех церквах города, в том или ином количестве, были военнослужащие офицерского и рядового состава, общим числом свыше 500 человек (от 10 до 20 человек в каждой церкви, и только в церкви Иоанна Предтечи на Красной Пресне было военнослужащих до 200 человек). Наиболее крупные церкви посетили представители и сотрудники посольств и иностранные корреспонденты. Так, например, в кафедральном соборе, где службу вел Патриарх Сергий, было иностранцев до 25 человек (прошедших в алтарь), в том числе 14 человек от американского посольства, и среди них — советник посольства Гамильтон, начальник морского отдела миссии контр-адмирал Ольсен, первый и второй секретари посольства; из английского посольства — 4 человека; из австралийской миссии — 2; трое японских корреспондентов и технический секретарь французского представительства Отт. Выборочные данные о посещаемости церквей в эту ночь в Московской области показывают, что количество верующих в церквах было значительно выше, чем в праздник Пасхи 1943 года. Так, например, в 30 районах области 90 действующих церквей посетило 148 тыс. человек, тогда как в предыдущем году — 95 тыс. человек. Почти 80% посетивших пасхальную службу в районах области составляют женщины, молодежь — от 20 до 25%, но в некоторых районах, как, например, в Подольском, Мытищинском, Константиновском, Краснопахорском, молодежь составляла 50% всех присутствующих в церквах. В области были также посещения церквей офицерским и рядовым составом. Так, например, в Казанской церкви (село Коломенское Ленинского района) военнослужащих было 50 человек, в церкви Александра Невского (поселок Бирюлево Ленинского района) — 275 человек, в Троицкой церкви города Подольска — 100 человек.
Во всех церквах Москвы и области во время пасхальной службы было зачитано церковно-патриотическое обращение Патриарха Сергия.